« Origine naturelle » : des scientifiques découvrent chez les chauves-souris des virus presque identiques au COVID-19

Cela pourrait confirmer la théorie d'une apparition de la pandémie de coronavirus à partir de chauves-souris.

Des scientifiques ont découvert chez des chauves-souris du Laos trois virus qui ressemblent davantage au SARS-CoV-2 qu'à tout virus connu. C'est ce qu'annonce la revue Nature.

Les chercheurs affirment que certaines parties de leur code génétique confortent les affirmations selon lesquelles le virus à l'origine du COVID-19 aurait une origine naturelle, mais leur découverte soulève aussi la crainte qu'il existe de nombreux coronavirus capables d'infecter l'humain.

David Robertson, virologue de l'Université de Glasgow au Royaume-Uni, qualifie cette découverte de « passionnante et plutôt effrayante ».

La théorie d'un coronavirus issu de chauves-souris sauvages

Pour réaliser cette découverte, Marc Eloit, virologue à l'Institut Pasteur de Paris, et ses collègues de France et du Laos ont prélevé des échantillons sur 645 chauves-souris dans des grottes du nord du Laos.

Chez trois espèces de chauves-souris en fer à cheval (Rhinolophus), ils ont découvert des virus identiques à plus de 95 % au SARS-CoV-2, qu'ils ont baptisés BANAL-52, BANAL-103 et BANAL-236.

Edward Holmes
virologue de l'Université de Sydney en Australie

Lorsque le SARS-CoV-2 a été séquencé pour la première fois, le domaine de liaison au récepteur ne ressemblait pas vraiment à ce que l'on avait observé auparavant. Cela a conduit certains à supposer que le virus avait été créé en laboratoire. Mais les coronavirus laotiens confirment que ces parties du SARS-CoV-2 existent dans la nature.

Avec les proches parents du SARS-CoV-2 découverts en Thaïlande, au Cambodge et dans le Yunnan, dans le sud de la Chine, l'étude démontre que l'Asie du Sud-Est est un « point chaud de diversité des virus apparentés au SARS-CoV-2 », — affirme Alice Latinne, biologiste de l'évolution à la Société vietnamienne pour la conservation de la faune sauvage à Hanoï.

Les chercheurs ont également cultivé BANAL-236 dans des cellules qu'ils vont désormais utiliser pour étudier la pathogénicité du virus sur des modèles animaux.

L'an dernier, les chercheurs avaient décrit un autre proche parent du SARS-CoV-2, appelé RaTG13, découvert chez des chauves-souris du Yunnan.

Dans l'ensemble, il est identique à 96,1 % au SARS-CoV-2, et ces deux virus ont probablement eu un ancêtre commun il y a 40 à 70 ans. 

Les virus échangent entre eux des fragments d'ARN par un processus appelé recombinaison, et une partie de BANAL-103 et BANAL-52 pourrait avoir partagé un ancêtre commun avec des parties du SARS-CoV-2 il y a moins de dix ans, affirme Spyros Lytras, évolutionniste et virologue de l'Université de Glasgow. « Ces virus recombinent tellement que différentes parties du génome ont des histoires évolutives différentes », dit-il.

Les maillons manquants

Selon les chercheurs, la découverte au Laos apporte un éclairage sur l'origine de la pandémie, mais il manque encore des maillons.

Par exemple, les virus du Laos ne contiennent pas le site de clivage par la furine sur la protéine Spike, qui facilite en outre la pénétration du SARS-CoV-2 et d'autres coronavirus dans les cellules humaines.

L'étude ne précise pas non plus comment l'ancêtre du virus a pu parvenir à Wuhan, dans le centre de la Chine, où ont été identifiés les premiers cas connus de COVID-19.

Des réponses pourront être obtenues en prélevant davantage d'échantillons de chauves-souris et d'autres animaux sauvages en Asie du Sud-Est, ce que font de nombreuses équipes.

Une autre étude éclaire les travaux menés en Chine. Pour cette étude, les scientifiques ont prélevé environ 13 000 chauves-souris entre 2016 et 2021 dans toute la Chine.

Mais ils n'ont trouvé aucun proche parent du SARS-CoV-2 et ont conclu qu'ils sont « extrêmement rares chez les chauves-souris en Chine ».

D'autres chercheurs remettent toutefois en question cette affirmation. « Je ne suis absolument pas d'accord avec l'idée que les proches parents du SARS-CoV-2 pourraient ne pas circuler chez les chauves-souris chinoises, car de tels virus ont déjà été décrits au Yunnan », affirme Holmes.